肝胆胰肠疾病研究所是集医疗、教学、科研、人才培养为一体的肝胆、胰腺、胃肠、肛直肠疾病防治研究中心。该研究所所属的五大联赛押注官网-中国有限公司普外科为国家卫生部内镜专业技术培训基地、四川省医学重点学科、川东北地区肝胆胰肠疾病研究中心，2009年经川北医学院相关部门批准正式成立。
   研究所实验室现有建筑面积600m2，下设微创技术研究室、器官移植基础研究室、消化道肿瘤研究室、组织病理研究室、阅览室及研究生学术交流室等公共实验室。拥有目前国内外处于先进水平的DDG一3300K肝储备功能分析系统、MGB腹腔镜三晶片+画中画腹腔镜系统、内镜操作模拟系统、手术同步传播系统、钬激光碎石机、Ethicon超声刀、PentAX电子十二指肠镜、Olympus电子肠镜、PentAX纤维胆管镜、肺功能检测仪等万元以上大型设备20余台套，万元以下50余台套，仪器设备总价值千余万元。
   研究所现有人员40人，拥有教授7人，副教授10人，博士13人（其中4人在读），硕士20人；出国留学归国人员4人（包括美国、日本、德国、香港），硕士生导师4人；四川省卫生系统学术技术带头人1人，后备人才3人，省科学技术带头人后备人才1名；中华医学会外科学专委会全国委员1人，国际肝胆胰协会中国分会委员1人，中华医学会中华医学奖评审委员会1人，中华医学会医学科普委员会委员1人，中国中医高等教育协会肛肠分会理事1人，中国医师协会外科分会全国委员1人，省级医学专委会副主任委员4人，四川省器官移植专委会委员1人，具有合理的人才配置和梯队。先后开展了肝移植术、whipple氏手术、左（右）三肝切除术、肝尾状叶切除术、肝门胆管癌根治术、胆囊癌扩大根治术、腹膜后巨大肿瘤切除术、保留十二指肠胰头切除术、腹腔镜胃癌根治术、腹腔镜结直肠癌根治术、腹腔镜先天性无肛矫正术、腹腔镜肝叶切除术、腹腔镜无张力疝修补术（TAPP、TEP）、经十二指肠镜十二指肠乳头切开取石术（EST）、经鼻胆胰管引流术（ENBD等省内、国内先进医疗技术，树立了在川东北地区的中心地位。 近年来，获国家自然科学基金立项资助项目3项，国家中医药管理局资助项目1项，获省、市级科研立项资助项目20余项。在普外微创外科技术研究、胃肠肿瘤临床与基础研究、肝移植等方面开展了大量的基础和临床研究。先后荣获四川省人民政府科学技术进步一等奖1项、二等奖2项、三等奖3项；获南充市人民政府科学技术进步奖近20项。获得国家发明专利三项，主编或参编《外科学》等教材、专著等十余部，在国内、外有影响力杂志期刊上发表学术论文200余篇（SCI收录的最高影响因子7.0）。
   研究所目前还承担了川北医学院临床学院“普外方向”、临床医学、医学影像学、医学检验学、护理学等专业1万余名本、专科学生的全部临床普外科教学任务；以及川北医学院普外科硕士研究生的培养，留学生教学、实习工作。