风湿免疫研究所是一所以医疗、教学、科研、人才培养为一体的自身免疫性疾病防治研究中心，为四川省高校重点实验室，所属的风湿免疫学2004年被评为四川省医学甲级重点学科，成为省内该领域首个重点学科，同年，四川省风湿病治疗中心在该学科点挂牌成立。2006年通过四川省教育厅、科技厅组织专家组评审，成为四川高校重点实验室，同年获得内科学（风湿病学等）硕士学位授予权，开始独立招收研究生。2008年被评为四川省重点学科。其临床免疫实验室为国家中医药科研二级实验室。
   研究所实验室现有建筑面积500m2，设有细胞培养室二个、分子生物学实验室、免疫组化室及六个公共实验室，拥有目前国内外处于先进水平的蛋白质、基因分析系统，包括安玛西亚EIPGⅡ二维电泳系统、Leica SP5 激光共聚焦系统、BD流式细胞分析仪、雅培I2000全自动化学发光分析仪、OLYMPUS BX51荧光显微镜、IX71倒置显微镜、LEICA CM1900冰冻切片机、ABI的7900型定量PCR系统、ROCH Light cycler荧光定量PCR仪、生物芯片分析系统、超速冷冻离心机等万元以上设备40余台套，万元以下190余台套，仪器设备总价值壹千伍百万余元。搭建了基因、蛋白质、细胞分析平台。
   现有人员共22人，其中教授5人，副教授8人，具有博士学位7人，硕士学位12人；留学归国人员3人，博士生导师2人、硕士生导师7人；享受政府特殊津贴的专家1人，四川省学术技术带头人1人，四川省卫生厅学术技术带头人4人。科学研究方面，本学科目前共承担各级科研项目近60项，科研总经费500余万元，国家级科研项目10项；获四川省科技进步一等奖2项、二等奖1项、三等奖5项，获四川省医学科技成果二等奖1项、三等奖1项，获南充市科技进步二等奖4项、三等奖4项。发表学术论文100多篇（其中SCI收录40余篇），国际会议交流论文20余篇。